مسئولیت اصلی این گروه انجام پژوهش‌های بنیادی‌ در حوزة فلسفة اسلامی و به عبارت دقیق‌تر  مطالعه و پژوهش در باب فلسفه در جهان اسلام است. در حال حاضر به دلیل حضور استادان شاخص تصحیح انتقادی متون فلسفی در مؤسسه و نیز آمادگی و تمایل اعضای گروه برای انجام تحقیقات و پژوهش‌ها در حکمت مشاء اسلامی، اهداف کلان گروه فلسفة اسلامی به قرار زیر است:

1- تصحیح آثار شیخ الرئیس ابوعلی سینا و مهم‌ترین آثار فیلسوفان مرتبط با وی.

2- انجام پژوهش‌های بنیادی در حوزة فلسفة اسلامی به‌ویژة حکمت مشاء اسلامی.

3- تقویت ارتباط گروه فلسفة اسلامی با نهادها و مراکز بین المللی فعّال در حوزة فلسفة اسلامی.

به‌منظور تحقق اهداف فوق، مسئولیت اصلی گروه فلسفة اسلامی انجام پژوهش‌های موظف اعضای گروه و پژوهش‌های غیر موظف اعضای گروه و محققان و پژوهشگران خارج از مؤسسه است. از جمله دیگر مسئولیت‌ها و فعالیت‌های این گروه می‌توان به برگزاری نشست‌های تخصصی، همایش‌های ملی و بین‌المللی و برگزاری کلاس‌های آزاد در راستای اهداف کلان گروه اشاره کرد.

کتب منتشر شده توسط اعضای این گروه عبارتند از: 

سید حسین موسویان، تصحیح و تحقیق رسالة فی الحدوث اثر ملّا صدرا، تهران، بنیاد حکمت اسلامی صدرا، 1378.

سید حسین موسویان، مقدّمه، تحقیق و تصحیح کتاب التعلیقات اثر ابن‌سینا: تهران، مؤسسة پژوهشی حکمت و فلسفة ایران،1391 (برگزیدة دورة سی و یکم جایزة کتاب سال جمهوری اسلامی).

سید حسین موسویان، مقدّمه، تحقیق و تصحیح کتاب التعلیقات اثر فارابی: تهران، مؤسسة پژوهشی حکمت و فلسفة ایران،1392.

لیلا کیان‌خواه، مابعدالطبیعه از دیدگاه فارابی و ابن‌سینا، تهران، مؤسسة پژوهشی حکمت و فلسفة ایران،1397.

اعضای هیئت علمی گروه فلسفه اسلامی

گروه پژوهشی فلسفه اسلامی مؤسسه دارای 5 عضو هیئت علمی است و مدیر گروه، آقای دکتر محمد حسین‌زاده با مرتبه علمی استادیاری است.