مؤسسه پژوهشی حکمت و فلسفه ایران دارای نُه گروه پژوهشی است:
1. ادیان و عرفان
2. فلسفه اسلامی
3. مطالعات ابنسینا
4. کلام
5. منطق
6. مطالعات علم
7. فلسفه غرب
8. فلسفه علوم انسانی
9. حکمت عملی